El CCE es la máxima autoridad del Programa, cuyo rol es definir la política y los principios rectores que permitan velar por una adecuada articulación interministerial, gestión, transparencia y difusión del Programa.

Estará integrado por las máximas autoridades del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF), Ministerio de Educación y Ciencias (MEC) y del Consejo Nacional de Ciencias y Tecnología (CONACYT). Además, estará compuesto por cuatro (4) personas en calidad de titular y por cuatro (4) personas en calidad de suplentes, de reconocida trayectoria en formación avanzada de capital humano, provenientes de la sociedad civil, sector privado, academia y comunidad de investigaciones científicos, respectivamente.

Para efectos de la designación de las personas de reconocida trayectoria en temas de CHA provenientes de la sociedad civil, sector privado, academia y comunidad de investigadores científicos, respectivamente, serán los mismos integrantes del Gobierno los responsables de proponer y designar sus nombres, tanto para el cargo titular como de suplente del CCE, para su aprobación y designación.

Todos los integrantes provenientes de la sociedad civil, sector privado, academia y comunidad de investigadores científicos respectivamente, durarán tres (3) años en sus cargos, más el tiempo que dure la designación de sus sustitutos, pudiendo ser renovados una vez más por otro período de mandato, integrarán el Comité, con voz, pero sin voto.

La participación del CCE constituye una carga pública y no será remunerada.